Высшим органом управления ИнАПИ является Совет директоров. В компетенцию Совета директоров входит определение приоритетных направлений деятельности ИнАПИ, внесение изменений в Устав ИнАПИ, утверждение годовых отчетов, избрание членов Совета директоров, Правления и Ревизионной комиссии, принятие решений о реорганизации или ликвидации ИнАПИ.
Совет директоров осуществляет общее руководство деятельностью ИнАПИ. Члены Совета директоров ИнАПИ избираются на собрании Совета директоров ИнАПИ большинством голосов сроком на три года.
Председатель Совета директоров осуществляет общее представительство интересов ИнАПИ во взаимоотношениях с органами власти, российскими и зарубежными юридическими и физическими лицами, а также со средствами массовой информации.
Состав Совета директоров:
СПЕСИВЦЕВ Алексей Альбертович — председатель
ОРЛОВ Антон Юрьевич — член
КАРАСЬ Александр Михайлович — член
ЖУЙКОВ Роман Юрьевич — член
РУНКЕВИЧ Елена Сергеевна — член
ЗАМЧАЛКИН Дмитрий Олегович — член
Председатель Правления (единоличный исполнительный орган) и Правление (коллегиальный исполнительный орган) осуществляют руководство текущей деятельностью ИнАПИ. Они организуют выполнение решений Совета директоров и подотчетны ему. Председатель Правления и члены Правления избираются Советом директоров на два года.
Правление, в частности, разрабатывает годовой бюджет, перспективные и текущие планы деятельности ИнАПИ, готовит отчеты.